次日上朝时，王绾又奏道：“陛下，秦国一统，方圆万里之遥。可是燕、齐、楚三国距离关中最远，朝廷不好管理，臣恭请陛下分封几位王子为王，前去镇守。这样，王子即能得到封赏，边远之地又平安无事，真是两全其美。”群臣听了王丞相的建议都表示赞同。可是有一人持反对意见，此人就是廷尉李斯。李斯今年已经六十二岁了，因文才出众，嬴政很是器重。此时见众人都劝始皇帝分封王子，他却反对道：“陛下，万万不可再实行分封制啊！想想周朝初年，周王所封的侯王很多，可是到了后来，这些侯王彼此互相攻伐，天子也无法控制，以致出现了国内纷争的局面。现在秦国刚刚建立，在全国推行郡县制就可以了，不应该再实行分封制啊！”
李斯的话刚说完，王绾反驳道：“周武王伐纣成功，建立周朝就大封功臣。如今陛下重新平定了海内，功臣在统一六国的战争中立下了汗马功劳，如不封赏就是违背古制。陛下的王子很多，又拿什么来封赏他们”李斯坦然道：“这好办。各位王子和功臣用奉禄和官爵重重地赏赐就行了，若再度置王封侯，很不妥当啊！”隗状也认为不封赏不行。始皇帝沉默良久，道：“六国已经统一了，不论远近都是秦国的土地，正所谓‘溥天之下，莫非王土；率土之滨，莫非王臣’。今后再不能称他们为国家，只能称为某某地。国家实行分封制好，还是郡县制好，这关系到秦国的安危兴衰，不可草率下结论。众爱卿下去再好好讨论一番，明日早朝时再议。”群臣齐声称是。
次日上朝，群臣依然赞同分封制。李斯仍然坚持郡县制。始皇帝沉默了半天，他抬起头来，用那睿智的目光扫视着阶下的百官，然后非常自信地说：“从五霸争雄到七国纷乱，各国之间互相用兵，战乱不休，兵祸延绵，天下生灵苦不堪言。后来周天子几乎是名存实亡，这是因为侯王存在的缘故啊！孝公用商鞅变法之时，就已经倡导郡县制。朕幸好凭恃着先王的威灵，一统六合。现在若再度封王置侯，是自树其敌，万不可行。廷尉的建议非常正确啊！不过，诸位将军平定六国，功绩卓着。尤其是朕的爱将王翦老将军，朕怎能忘记他从前商鞅封为商君，张仪封为武信君，蔡泽封为刚成君，魏冉封为穰侯，范雎封为应侯，吕不韦封为文信侯，但他们只享受封地上的赋税，而不就国，这与周朝的分封大不相同了。朕现在也效法古制，大封功臣。”于是和博士们议定，封王翦将军为武城侯，王贲为通武侯，父子二人进爵为彻侯。赵亥为建成侯，将军成为昌武侯，冯毋择为武信侯，进爵为伦侯。始皇帝又说：“诸位爱卿与朕一起治理国家。为了国家的长治久安，朕不再封赏各位王子，这也不算是违背古制了吧，啊”群臣听了始皇帝的话，只好称赞说：“陛下英明，现在废除封建旧制，推行郡县之局，这将是千秋不衰的盛事啊！”
始皇帝听了大家的称赞，满心欢喜道：“廷尉李斯建议实行郡县制，非常附合秦国的国情，现将李斯也进爵为通武侯。”李斯听后大喜谢恩。始皇帝又道：“郡县制度由来已久，它是随着我国的强大而出现，也是秦国的旧制了。以前惠王设了汉中郡，昭襄王设了南郡、黔中郡、南阳郡，庄襄王设了三川郡和太原郡，让有才能的人担任郡守。朕是开天辟地以来的第一位皇帝，也应该效仿古制，在全国推行郡县之局，将天下划分成郡。郡守掌管一郡的事务，郡丞和郡尉分管文武之事。监御史考察全郡的官吏。郡下是县，全县的事务由县令掌管，县丞和县尉所管之事与郡丞和郡尉相同。另外，朕不能忘记历代先王的功劳，着官员在渭水南岸修建祖庙，建章台宫，朕要祭祀先祖。朕还想在咸阳的北阪仿建六国的宫室，往东延伸宫殿群，把六国掳来的美女、钟鼓、佳石、异木等奇珍宝玩全部填置其间，从而使秦国成为天下名副其实的第一强国！”他那尖炸的刚音在空旷的咸阳大殿内回响，声音震颤着每个角落。根据始皇帝的决定，明诏天下：秦国废除了周代的分茅封建之制，实行郡县制，将全国划分成三十六郡。
根据郡县制度，郡守是一个郡的最高行政长官，郡丞辅佐郡守管理全郡的行政事务和刑狱，郡尉负责全郡的军事和治安，而郡御史又负责考察全郡的官吏，严密注视各级官吏对朝廷政令执行的情况。郡以下的行政机构是县和道，内地叫县，偏远地区叫道，县和道是平级的，官制略同。还规定：县令是一县之长，享受万户以上封邑，万户以下的叫县长。县下设乡、里、亭等机构，乡和里是行政机构，亭是治安组织。乡又设三老、啬夫、游缴等官吏。三老负责宣讲法令和教化民众的事务，啬夫负责征收赋税和审理诉讼的事务，游缴负责巡逻和治安的事务。乡下设里，里正负责组织生产。亭与乡、里并无隶属关系，是治安系统的基层组织，属县尉和郡尉的派出机构。亭有亭长，主要职责是管理治安。这样强化了郡县制，使地方官吏权利互制，都不能揽权，朝廷管理地方的权利大大加强。
在朝廷，皇帝大权独揽，一切官吏的任免由他决定。为了维护嬴氏的一姓统治，防止大权旁落，始皇帝还运用了分权制衡的统治策略来驾驭群臣，就是设制了三公和九卿。三公指丞相、国尉、御史。九卿是奉常、太仆、少府、郎中令、治粟内史、典客、卫尉、廷尉、宗正。丞相是百官之首，分左右，是一官二制，互相制约。丞相的权利又要受到御史大夫的节制，丞相的军权又为国尉分割，重要官员在地位、职责和权利方面都处于互相牵制的状态，改变了以往执政大臣平时治民，战时带兵，出将入相的传统，从体制上防止了权臣专横的局面，从而使军政大权集于皇帝一人之手。
数月后，皇帝又发布了几道诏令：改称老百姓为黔首或黎民；议定统一的法律制度，以《秦律》为国家大法；规定了长度、重量、容量的标准；国家之币分为二等，黄金为上币，以镒计量，二十两黄金为一镒，铜钱为下币，每枚为半两，形状是方孔圆形，定为全国流通的钱币使用。同时废止六国刀形、布形、蚁鼻钱等各种形状的旧币。而珠玉、龟贝、银锡之属，做为器饰宝藏之用，不再作为货币流通；还统一了文字，全国通用小篆，以李斯书写的《仓颉篇》，胡毋敬的《博学篇》为标准，颁行全国，作为文字模板，同时废除了六国的文字；天下各郡县的官吏，清查各地户口。凡是世家贵胄，富户及地方名士，一律勒令迁居咸阳，以便就近监察；又将天下险要地方的关塞和大郡的城郭，堡垒全部夷平，打通了各通道。一系列的诏令都是始皇帝和他的大臣商议后颁布实行的，全国人民积极响应，国家实现了真正的统一。历史上称始皇帝为秦始皇。李斯追述秦始皇的功劳说：
追念乱世，分土建邦，以开争理。攻战日作，流血于野，自泰古始。
世无万数，施及五帝，莫能禁止。乃今皇帝，一家天下，兵不复起。
灾害灭除，黔首康定，利泽长久。