骆思恭派锦衣卫指挥佥事许显纯回去复命，其余人继续查探。
孔府，宾客满棚，特别东林君子们张博、张采等围着孔胤植侃侃而谈，他们代表江南乡绅，劝孔胤植出马带头阻止新政，而孔胤植担心家中田亩被没收，亦如热锅上的蚂蚁，急需同盟，双方一拍即合。张博、张采执笔，每天一篇奏疏以孔家家主名义弹劾韩爌。
1621年10月份，紫禁城金銮殿。兵部左侍郎郭允厚出列：“启禀陛下，臣弹劾圣衍公血脉不存，鞑虏嫌疑！”
朱由校：“可是当真？天下文人皆为圣衍公门生，爱卿不能信口开河。”
工部右侍郎张辅之：“启禀陛下，臣认为元朝圣衍公之位频繁废立，孔思诚被废后应该找其兄弟或堂兄弟，而不是孔思晦，孔思晦父亲、爷爷几乎无记载，而且孔家庶子也能继承圣衍公，废立十分不合理。九成可能孔思晦被掉包或者孔思晦是元王室后裔。”
部左侍郎郭允厚：“启禀陛下，孔思晦之后，北孔家风大变，如成化时期，弘绪初非法用刑，奸淫乐妇四十余人，勒杀无辜者四人。几如元人做派，很遗憾未受到刑罚。而南孔则家风正直。”
御史李应升出列：“启禀陛下，臣听说北孔鱼肉百姓，祸害乡里，把佃户当作奴隶，世世代代被孔府奴役，孔府杀人如家常便饭，百姓却无处伸冤。孔府做法严重违反大明律，太祖在法律上明确规定好，如果地主打死佃农，以杀人偿命处理，就算有再多的钱来赔偿，也照样要偿命。另外，地主想要自己的佃农替代自己服劳役的话，要给佃农须出米一石，资其费用。臣这里都有证据。”
朱由校：“除了证据外还要有证人？”
御史李应升：“证人在殿外等候。”
“宣！”
刘招、夏顺、郭三等几十位证人进殿，每个人都诉说自己的冤情，不明内情的群臣听的一愣一愣的，这是心中的圣衍公吗？
御史杨新期出列：“臣弹劾孔胤植，祭祀场所暗藏忽必烈牌位，孔思晦蒙人无疑，北孔被掉包。陛下派人搜查即可。”
锦衣卫指挥佥事许显纯出列：“启禀陛下，臣派人去曲阜调查孔家违法事宜，发现祭祀场所孔思晦牌位下暗藏忽必烈牌位，定有见不得人的秘密。”
御史李应升出列：“启禀陛下，如若是真，臣请锦衣卫拿出证据。”
朱由校：“韩次辅，你怎么看？”
韩爌出列：“陛下，此事非同小可，北孔不管是否蒙元血统，都需要给天下士林一个交代，跟朝廷一个交代，臣请陛下调动三千锦衣卫彻查此事。”
刘一燝出列：“启禀陛下，此事重大，必须彻查，还孔家一个清白。”
“臣等附议。”众臣人心惶惶，如果北孔是蒙元血统，那自己信奉的儒家学说岂不白学？
许显纯三千锦衣卫快马加鞭，五天赶到曲阜，守城士兵看到令牌，放锦衣卫入城，与骆思恭汇合后杀向孔府。孔府来不及反应，就被锦衣卫攻进去。骆思恭大喊：“锦衣卫指挥使骆思恭在此，凡是阻挡锦衣卫查案，一律处死！”
孔胤植还未袭爵，已是孔家家主。带着众人拦截道：“骆指挥使，锦衣卫私闯孔府，你们就不怕得罪天下儒林？得罪所有文官？本家主定要上疏陛下弹劾你。”
骆思恭嘿嘿一笑：“请便，继续搜！”
孔胤植大喊：“拦住他们，出了事情本家主兜着。”
啪啪啪，短铳声响起，孔府二十余家丁应声而倒。其余人再也不敢阻挡。
半个时辰的功夫，锦衣卫林韬拿回来孔思晦牌位下面暗藏的忽必烈的牌位，锦衣卫王铠等搜查到孔家与建奴、察哈尔来往信件，铠甲、火绳枪等违禁物品。看到牌位、信件、铠甲等孔胤植等孔家人脸色大变。
经过三司会审，半个月日夜不休，调查取证，事情水落石出，孔胤植确系蒙元后裔。只要细心，其实行的那一套佃户世世代代为奴的奴隶制，北孔子弟的作风就能看出来端倪。
内阁和朱由校经过多方商议，定下最终处理方案。没收孔府全部财产，土地免费分给佃户、屯户和附近的村民等，得到几省百姓一致拥护。孔府未犯罪子弟迁往奴儿干都司为奴。孔府犯罪子弟按庶人标准，该判刑的判刑，该砍头的砍头。张博、张采阻挡新政与孔胤植等人三日后问斩。朝廷暂时收回圣衍公爵位，考察南孔，根据表现好坏决定是否改封南孔，考察期30年。
结果一出，天下哗然。堂堂的圣衍公一脉竟然是蒙元之后，判决下来三日后问斩，这会审和砍头速度亘古未有。圣衍公继承人孔胤植被砍头，令天下士人和书生一时懵逼，失去信仰。